ゆくゆくは有へと

おかゆ/オカ∃/大鹿有生/彼ノ∅有生 の雑記

Anaconda が最強すぎる + pymol

Anacondaほんと最強

qiita.com

condaが仮想環境もつくれるということで、別途インストールしてたpython2アンスコして仮想環境に作ることにした。

別にそのままでもよかったんだけど、なんか pip が全く作動しないトラブルに見舞われてたんだよね…。
仮想環境つくったら無事直ったので、anacondaと独立してpython2入れてたのが原因っぽい。

pymolの話

で、python2を入れてた理由は pymol が使えないからだったんですけど、最近(?) python3 で動くようになったっぽい。

qiita.com

この記事の時点だと python3 (cp3ってやつ)がなかったっぽいので、最近でたのかな。1.8.2.1 が現時点で最新でした。

pymolインストール方法のところで、4つのファイルをDLしないといけないって書いてあるんですが、
pmw と numpy+mkl の2つは conda でできそう。つまり、コンソールで

conda install pmw
conda install numpy
conda install mkl

とすれば入るとおもう。numpy は anaconda に同梱してるけど。

なので、実質は pymol と pymol-launcher の2つのファイルを適当なところにDLして、そこのディレクトリで

pip install [pymolのパス].whl
pip install [pymol-launcherのパス].whl

とすれば、Anacondaのディレクトリ直下にpymol.exeができてるのでそこから起動できます。
ちなみにコンソールで pymol と打っても起動する。


最近は pymol は公式だと for educational じゃないと無料じゃなくて、しかもこの educational版の機能が制限されすぎてるようですね。

まあ anaconda使えばpythonまわりはすごく簡単に整うし、それ以外にするのは2つファイルDLして pip で install だけだし、
ちょっと手間(ほとんどかからんか)かかるけどこっちのほう導入したほうがいいですね。